Un sujet bien difficile tout ça !
Déjà, pour ce qui est des titres de chapitre, j'avoue que je suis nulle pour ça. Mais vraiment. Donc, le plus souvent je n'en mets pas. Par contre, par goût personnel, j'écris le numéro de chapitre en chiffre romain - n'ayant jamais connu des cas où je devais aller jusqu'à des numéros très très gros sinon peut-être ferais-je autrement ? - n'aimant pas les nombres/chiffres ni l'écriture en toute lettres (donc pas de "chapitre 1" ou "chapitre un"/"chapitre premier").
Quant aux notes de bas de page, il faut savoir quand les mettre parce que pas assez et, selon le public, ça peut faire très snob (oh oh, mais vous ne connaissez pas tel mot/terme ? gueux·ses que vous êtes) soit justement infantilisant. Mais je trouve que la rédaction d'une note de bas de page est très importante : si on explique quelque chose de précis, il faut bien choisir ses mots. Par exemple, dans l'un de mes romans publiés, j'ai une note de bas de page pour une scène de chasse parce qu'il y avait une terminologie qui était assez compliquée vis-à-vis des sangliers - en gros, selon l'âge, le sexe et la taille, on chasse pas "juste" le sanglier, bref. Il faut que ça soit clair, précis sans que ça fasse 36 lignes, ce qui n'est vraiment pas évident.
Les notes de bas de page peuvent aussi montrer que l'on fait référence à quelqu'un et se prémunir d'accusation de plagiat.
Sinon, j'avoue que les glossaires et compagnie, je ne les lis jamais

Je trouve qu'une liste de mots, même avec la plus jolie mise en page du monde, c'est imbuvable. Et, mea culpa mais si j'ouvre un livre et qu'il commence par un glossaire, un lexique ou autre, je le referme direct.
Petite aparté mais, lorsque l'on veut passer à l'étape supérieure et faire des soumissions à des ME, parfois ça ne sert pas à grand chose de se prendre la tête car, certaines demandent des mises en forme bien spécifiques - il arrive même que certaines demandant juste le texte, sans annexe/glossaire/lexique/carte etc. De même, sous les conseils d'un·e éditeurice, on peut être amener à changer beaucoup de choses dans un livre, dont les titres des chapitres. Donc, si on ne trouve rien de sympa, ce n'est pas très grave
